だってよ！ ついさっき知ったよ！(；ω；)
メソッド名だけ見て、圧縮に使うもんなんだな～と早合点してずっと試行錯誤してましたつらいorz
リファレンスはしっかり読みましょうというお話です。
PHPの公式リファレンスのNoteには以下のように書いてあります。 → http://php.net/manual/ja/ziparchive.setpassword.php
注意:
This function only sets the password to be used to decompress the archive; it does not turn a non-password-protected ZipArchive into a password-protected ZipArchive.
「展開するときにだけ使えるよ！パスワード保護されていないZipを保護する用途には使えないよ！」みたいなことがちゃんと書かれてますね……。
英語の記事でもすぱっと一発で読めるようになりたい。なりたい・・・(´・ω・｀)
ちなみにどうしてもPHP上でパスワードを掛けて圧縮したかったら、現状はexec関数でシステムコールを利用するぐらいしか無いんじゃないでしょうか。
参考→http://blogs.yahoo.co.jp/terere4040/31295794.html